Tallinna Mustjõe Gümnaasiumis valikõppeained on järgmised:
Põhikoolis:
- Eesti lastekirjandus
- Vene keel ja kultuur
- Informaatika
Gümnaasiumiastmes (valikkursused ja valikõppeained):
- Eesti keele grammatika
- Praktiline eesti keel
- Keel ja ühiskond
- Kõne ja väitlus
- A2 – keeleoskustasemega saksa keel
- A2 – keeleoskustasemega prantsuse keel
- B2 - keeleoskustasemega inglise keel
- Tallinna lugu
- Riigikaitseõpetus
- Üldajalugu – maailma ajalugu: tsivilisatsioonid väljaspool Euroopat
- Üldajalugu – Euroopa maade ja Ameerika Ühendriikide ajalugu
- Praktiline matemaatika
- Elementide keemia
- Keskkonna- ja looduskaitse
- Teistsugune füüsika
- Rakendusbioloogia
- Uurimistöö alused
- Arvuti kasutamine uurimistöös
- WEB – disain
- Karjääriõpetus
- Majandus- ja ettevõtlusõpe
- Projektijuhtimine
- Kehalised võimed ja liikumisoskused
- Liikumine välistingimustes
- Tervislik eluviis
